Trois workshops de formation sont organisés par le LabEx ParaFrap durant les 3 années de formation des doctorants et post-doctotants (un par an) :
- Le workshop introductif
- Le workshop de bioinformatique
- L'atelier de formation à la communication scientifique 

Workshop introductif 

Le Workshop Introductif du LabEx ParaFrap ("Introductory training course in Molecular Parasitology") est organisé à l'Université de Montpellier et regroupe tous les doctorants ParaFrap de chaque vague. L'atelier, qui s’est tenu en Octobre 2013, Novembre 2016 et Mars 2019, a été organisé par le Pr Patrick Bastien, avec l'aide de Slavica Stanojcic (2013 et 2016), Rosa Corrales (2019) et Yvon Sterkers (de l'Université de Montpellier). Le premier atelier a été animé conjointement par Sabrina Marion (de l'Université de Lille) et le Pr Patrick Bastien. Ce workshop donne l'occasion aux étudiants d’assister aux présentations de prestigieux conférenciers français et internationaux, notamment des universités de Bruxelles, Glasgow, Heidelberg, Munich, New-York, Singapour, Bordeaux, Grenoble, Lille, Marseille, Paris, Strasbourg et Montpellier, avec la participation de SANOFI® et MAN-ROS THERAPEUTICS® (Programme du Workshop d'introduction 2013 et 2019)

Les objectifs de l'atelier sont (i) de créer une base commune de "connaissances générales" et d'esprit de recherche en parasitologie moléculaire pour l’ensemble des étudiants; (ii) de faire connaître aux étudiants les partenaires impliqués dans le LabEx et leurs activités de recherche; (iii) de créer un « esprit de corps » stimulant entre les étudiants et germe de collaborations futures; (iv) de promouvoir des liens et des collaborations au sein du réseau.

L’objectif pratique de cet atelier est de mettre les étudiants en immersion dans la parasitologie moderne durant deux semaines, avec des données récentes et des analyses critiques de publications dans le domaine. L’organisation générale de l'atelier comporte deux conférences le matin, suivie par des discussions autour d’articles scientifiques en petits groupes l'après-midi. Les présentations sont divisées et organisées en blocs thématiques: biologie cellulaire, génétique des parasites, relations hôte-parasite, métabolisme, conception de médicaments, immunogénétique…

Le programme de l'atelier est intense. Les présentations sont organisées de façon informelle pour permettre des interactions avec les étudiants. Dans l'après-midi, les étudiants présentent les articles scientifiques qu’ils ont lu et analysé précédemment, afin de pouvoir en discuter en groupe. Ainsi, les doctorants de ParaFrap apprennent à découvrir les forces et les faiblesses de certaines découvertes scientifiques, pour mieux évaluer les approches utilisées dans la recherche et les limites dans la conception expérimentale. En plus de ces séances d'entraînement quotidien, des films scientifiques sont projetés en fin d'après-midi ou en soirée.

Lors du premier atelier, une journée entière de l'atelier a été consacrée au monde de l'entreprise au sein de l’entreprise Sanofi® à Montpellier. Lors de cette visite, les élèves ont assisté à une conférence offrant une vue d’ensemble sur le développement préclinique et clinique de médicaments, et quelques données sur la recherche et le programme de développement de Sanofi®. Selon les étudiants, cette journée a permis d’élargir leurs connaissances sur la R&D dans l'industrie et a été très appréciée.

Durant l'atelier, les étudiants sont logés dans des appartements communs au centre-ville et peuvent ainsi travailler et partager des moments en commun. Ces ateliers instaurent ainsi une saine atmosphère d'émulation entre les étudiants et les enseignants. Laissant des souvenirs inoubliables à leurs participants, ils permettent de créer un «esprit d'école» entre les partenaires et les étudiants dans le domaine. Tous ces aspects font de ces workshops un réel succès.

Workshop de Bioinformatique 

L’atelier Bioinformatique du LabEx ParaFrap a également été organisé à l'Université de Montpellier en Janvier 2015 et Juillet 2017. La participation était obligatoire pour tous les doctorants de ParaFrap et a également accueilli les post-docs récemment recrutés par le LabEx, ainsi que d'autres doctorants de groupes de recherche membres du LabEx. Le cours a été organisé par le Pr Patrick Bastien (Université de Montpellier) et le Pr David Roos (Université de Pennsylvanie, USA) avec l'aide de Slavica Stanojcic et Yvon Sterkers (Montpellier). Il a été animé par la célèbre équipe de "EuPathDB" ("the Eukaryotic Pathogens DataBase"), habituée à donner des cours partout dans le monde, composée de David Roos, Omar Harb et Suzanne Warrenfelz, avec l'aide de Cameron McPherson et Sebastian Baumgarten, bio-informaticiens dans le laboratoire d’Artur Scherf à l'Institut Pasteur.

1er Atelier Bioinformatique (2015)

2ème Atelier Bioinformatique (2017)

Le programme du cours comprend de nombreux exercices sur divers sujets, comme les navigateurs de génome, l'interprétation du RNAseq, les données de transcriptomique et de protéomique, l'analyse de séquences, de SNPs et la recherche de motifs, … Le dernier jour, un projet de groupe avec une présentation finale sont proposés (voir par exemple PDF Programme du Workshop Bioinformatique 2015). Le cours donne la priorité au travail en petits groupes, ce qui est à la fois stimulant et fructueux, en particulier pour les exercices difficiles.

Dans la journée ou après le dîner, des séminaires sont donnés dans une ambiance décontractée par des chercheurs de renommée internationale.

Ces ateliers sont un total succès, en particulier compte tenu notamment du fait que de nombreux étudiants sont souvent de prime abord réticents à ce domaine. Le questionnaire d'évaluation rempli par les participants révèle un «excellent» taux de satisfaction, de 90-100%.

Cet atelier a été renouvelé pour le programme "PhD Sud" en juin 2019 à Montpellier, dans une version plus longue, associée à de la biostatistique (introduction au logiciel R). Il était animé par Sebastian Baumgarten (bioinformaticien dans le laboratoire d'Artur Scherf, Institut Pasteur) et Sebastian Hutchinson (bioinformaticien dans le laboratoire de Philippe Bastin, Institut Pasteur) pour la partie bioinformatique; et Antoine Claessens (nouveau PI dans ParaFrap, unité "LPHI", Montpellier) et Benoit Aliaga (post-doc dans l'équipe d'Antoine Claessens) pour la partie biostatistiques.

Non seulement ces ateliers offrent une occasion unique de se familiariser avec un outil de recherche indispensable pour la recherche moderne. Mais le travail collectif permet également aux post-doctorants et doctorants issus de différents groupes du réseau de faire connaissance, stimulant ainsi des collaborations nouvelles ou existantes.

Workshop de formation à la communication scientifique 

Un atelier "Rédaction scientifique et présentation orale" a été organisé en avril 2016 puis janvier 2019 à l'Institut Pasteur de Paris par Sabrina Marion (Université de Lille) et Pr Patrick Bastien, et animé par un intervenant extérieur privé. Ce cours a initié les étudiants aux principes de base de la rédaction scientifique, des règles internationales pour la structuration d’un rapport scientifique, et leur a donné des conseils pour une présentation scientifique efficace. Cet atelier est particulièrement utile dans la 3ème et dernière année de thèse pour les doctorants. En raison de la qualité de la formation, il connait un vif succès parmi les étudiants.

Formation à la communication scientifique (2019)